1) メインタイトル

2) 巨大な影

3) 犠牲者

4) ショッキラス

5) 病室の奥村

6) 研究所へ

7) 生きていた兄

8) 急速潜航

9) ソ連原潜SOS

10) ゴジラ情報解禁

11) 新聞報道

12) 誤解

13) 自衛隊マーチ1

14) ゴジラ出現

15) 原発破壊

16) 真実は世に

17) 三原山〜新宿副都心

18) 米ソ特使到着

19) 米ソ核衛星

20) 避難命令

21) 自衛隊マーチ2

22) ゴジラ迎撃せよ

23) バラシェーボ号

24) ゴジラ有楽町蹂躙

25) 誘導作戦開始

26) 無人の街

27) レストランBGM

28) 実験成功

29) スーパーX

30) 核ミサイル発射

31) 迫りくる天の矢

32) ゴジラ倒る

33) 避難誘導

34) 救助活動開始

35) 閉ざされた二人

36) 抱擁

37) 迎撃ミサイル

38) コンプトン効果

39) 赤い雲

40) 覚醒1

41) 覚醒2

42) 覚醒3

43) ゴジラ復活1

44) ゴジラ復活2

45) 暗転

46) ゴジラvsスーパーX

47) 無敵のゴジラ1

48) 無敵のゴジラ2

49) 無敵のゴジラ3

50) ゴジラ新宿を去る

51) ゴジラ大島上陸

52) ゴジラとの別れ

53) エンディング ／ ザ・スター・シスターズ

54) さよならの恋人 ／ 沢口靖子

55) ゴジラ・愛のテーマ(カバー版)