1) 東宝マーク

2) バース島消滅

3) メインタイトル・香港破壊

4) オキシジェンデストロイヤー

5) 海底トンネルの異変

6) ゴジラ，台湾沖を進む

7) 核爆発・地球炎上

8) オキシジェンデストロイヤーの恐怖

9) 水族館の悪夢

10) 微小生物判明

11) ゴジラ，沖縄沖を進む

12) 謎の生物の破壊

13) 特殊部隊出動

14) 謎の生物出現

15) 謎の生物焼却作戦

16) ゴジラ，原発に向う

17) スーパーX3出撃準備

18) スーパーX3の攻撃

19) 生きていたリトル

20) メルトダウン

21) メーサータンク超低温攻撃

22) デストロイア誕生

23) ジュニアを誘導

24) ジュニア初めての危機

25) ジュニアVSデストロイア

26) ゴジラとジュニアの再会

27) デストロイア巨大化

28) さらわれたジュニア

29) 瀕死のジュニア

30) ゴジラの決意

31) ゴジラVSデストロイア1

32) デストロイアの反撃

33) 悲しみの咆哮

34) ゴジラVSデストロイア2

35) メーサー部隊総攻撃

36) レクイエム

37) 新たなゴジラの誕生

38) エンディングタイトル